Am Anfang war der Ball - genauer gesagt ein Fußball, den eine kleine Gruppe von Jugendlichen einer Bremer Realschule im Herbst 1898 bei einem sportlichen Wettbewerb gewonnen hat. Ob dieser Wettbewerb ein Tauziehen oder doch eher ein Stafettenlauf war, das lässt sich nicht mehr eindeutig belegen. Sicher ist aber, dass die Gruppe schnell anwuchs und regelmäßig auf den Wiesen beim „Kuhhirten“, einem beliebten Ausflugslokal auf dem Stadtwerder, trainierte. Im Februar 1899 und mittlerweile auf sechzehn Personen angewachsen beschlossen die Schüler dann, einen eigenen Verein zu gründen und diesen nach dem Ort zu benennen, auf dem sie spielten. Passenderweise auf der Veranda des „Kuhhirten“ wurde schließlich der „Fußball-Verein ‚Werder‘ Bremen von 1899“ gegründet. Leider existiert kein Protokoll der Gründungsversammlung. Möglicherweise wurde auch gar keins verfasst. Daher gibt es auch zum Gründungsdatum unterschiedliche Angaben. Alle Daten beziehen sich aber auf Anfang Februar und am wahrscheinlichsten ist ein Sonnabend - Sonnabend, der 04. Februar. Bereits vier Jahre später gab es für den jungen Fußball-Verein einen Titelhattrick zu feiern, als drei Teams des FVW in allen drei Bremer Spielklassen die Meisterschaft errang. Spiele des Fußball-Vereins Werder Bremen waren in der Folge schon so sehr von öffentlichem Interesse, dass als erster Bremer Verein nun Eintrittsgelder zu den Spielen verlangt werden konnte.
Neben den sportlichen Erfolgen wie etwa der Qualifikation zur Norddeutschen Meisterschaft war das Durchsetzen gegen nichtsportliche Gegner zu dieser Zeit ebenso wichtig. Schließlich stieß den Mitgliedern der nationalistischen Turnbewegung in Deutschland auf, dass der Fußballsport seinen Ursprung in England hatte und somit entgegen ihrer Vorstellung "undeutsch" war. Weitergespielt wurde dennoch, der Spielbetrieb sogar über den ersten Weltkrieg hinaus aufrechterhalten, obwohl viele Männer in den Schlachten des Krieges gefallen waren.
Seit dem Jahr 1919 durften auch Frauen Mitglied im FV Werder Bremen werden, in den Anfangsjahren waren zuvor lediglich Männer höheren Bildungsgrades willkommen. Der Trend der Zeit ging in den Folgejahren allerdings weg vom reinen Fußballverein hin zum Sportverein. So auch in Bremen. Drum wurde der Verein im Jahr 1920 offiziell in den "Sportverein Werder Bremen von 1899" umbenannt. Leichtathletik, Schach, Tennis aber auch Baseball und Cricket wurden als weitere Sportarten hinzugenommen, Fußball aber blieb die bedeutendste Abteilung. In der Folge stieg die Mitgliederzahl mitunter gar über die 1.000er-Grenze.
Im Zuge der zunehmenden Professionalisierung des Fußballsports verpflichtete Werder ab den 30er Jahren auch spätere Nationalspieler wie etwa Hans Tibulski oder Matthias Heidemann, Werders erstem Nationalspieler überhaupt.
Gespielt wurde damals bereits im Weserstadion. Zwar hatte Werder den Wettbewerb um einen Spielstättenbau am Weserufer gegen den Allgemeinen Bremer Turn- und Sportverein verloren. Der ABTS aber musste aufgrund der finanziellen Aufwendung des Projekts Weserstadion, selbiges in den Folgejahren verpachten. Unter anderem an den Sportverein Werder.
