Klar, dass er auch eine Spielklasse tiefer glänzte. Erneut verpasste Otten nur ein Saisonspiel und gehörte folgerichtig nach der direkten Rückkehr in die erste Liga 1981 mit erst 20 Jahren zu den Stützen, um die Cheftrainer Otto Rehhagel und Manager Willi Lemke beim SV Werder das Erfolgsteam der 1980er Jahre formten. Zwei Spielzeiten nacheinander stand Jonny Otten zwischen 1981 und 1983 bei allen Bundesliga-Partien der Grün-Weißen auf dem Platz, wurde mit seiner Zweikampfstärke, seiner enormen Schnelligkeit und seinen beim Gegner gefürchteten Flanken zu einem der besten deutschen Linksverteidiger und feierte im Februar 1983 unter Bundestrainer Jupp Derwall bei der 0:1-Niederlage in Portugal sein Debüt in der deutschen A-Nationalmannschaft.
Bereits bei den Junioren und in der U21 war Jonny Otten zu zahlreichen Länderspiel-Einsätzen gekommen. Seine Karriere im A-Team endete allerdings bereits nach sechs Partien wieder – noch vor der Europameisterschaft 1984 in Frankreich. Derwall-Nachfolger Franz Beckenbauer holte Otten nicht mehr in die Nationalmannschaft zurück. Auch weil den Werder-Profi im weiteren Verlauf seiner Karriere zwei schwere Knieverletzungen zu längeren Pausen zwangen. 1992 endete schließlich Ottens Werder-Zeit – nach 308 Bundesliga- und 41 Zweitliga-Spielen sowie dem Gewinn des Deutschen Meistertitels 1988, des DFB-Pokals 1991 und des Europapokals der Pokalsieger 1992.
Es folgten noch zwei Zweitliga-Spiele für den VfB Oldenburg, doch ansonsten war Jonny Otten dem SV Werder seine gesamte Profikarriere lang treu geblieben. Trotz zahlreicher – auch hochkarätiger – Angebote anderer Clubs. Denn: „Es stimmte einfach alles in Bremen, das Umfeld, die intakte Mannschaft. Geld war damals nicht so wichtig“, sagte er einst in einem Interview mit 11Freunde.de. „Ich war Bremen immer verbunden, auch weil ich in Norddeutschland aufgewachsen und bei Werder Profi geworden bin.“
