- Das Hinspiel des Sechzehntelfinales und damit Werders erste Partie im diesjährigen UEFA-Pokal findet entweder am 18.02 oder am 19.02.2009 statt. Das Rückspiel ist eine Woche später, am 26.02.2008, angesetzt.
- Torsten Frings wird das nächste UEFA-Cup-Spiel nicht bestreiten können. Der Nationalspieler sah im Spiel gegen Inter Mailand die 5. Gelbe Karte und ist nach seiner ersten Gelbsperre (nach drei Verwarnungen), die er im Heimspiel gegen Athen abgesessen hatte, schon wieder gesperrt. Die Verwarnungen aus den Vorrunden der Champions League und des UEFA-Cups werden übernommen.
- Werder wird in der Runde der letzten 32 Teams auf einen Zweitplatzierten aus der UEFA-Cup-Gruppenphase treffen. Die Grün-Weißen können dabei in dieser Runde auf keinen Fall auf einen deutschen Vertreter treffen. Ab dem Achtelfinale wäre es aber möglich.
- Folgende UEFA-Cup-Teilnehmer haben sich bereits für das Sechzehntelfinale qualifiziert: AC Mailand, Tottenham Hotspurs, Manchester City, Galatasaray Istanbul, FC Sevilla, Udinese Calcio, Sporting Braga, Aston Villa, Ajax Amsterdam, FC Valencia, ZSKA Moskau, sowie die deutschen Teams vom Hamburger SV und dem VfL Wolfsburg.
- Das Endspiel findet in dieser Saison am Mittwoch, 20.05.2009, im Sükrü-Saracoðlu-Stadion von Istanbul statt. Istanbul ist damit die zwölfte Stadt, die ein UEFA-Pokal-Finale ausrichten wird, seitdem in der Saison 1997/98 ein richtiges Endspiel eingeführt wurde. Die bisherigen Austragungsorte waren Paris, Moskau, Kopenhagen, Dortmund, Rotterdam, Sevilla, Göteborg, Lissabon, Eindhoven, Glasgow und Manchester.
