Ein Jahr später dann der große Erfolg: Der SVW triumphiert im Finale des DFB-Pokals über Bayer 04 Leverkusen. Prödl stand 90 Minuten auf dem Platz, sicherte hinten die Null und brachte den Pott zurück an den Osterdeich - bis dato der letzte gewonnene Titel des SV Werder. Doch der Österreicher musste auch einige Tiefschläge einstecken: Am 21. Januar 2012 zog er sich im Auswärtsspiel beim 1. FC Kaiserslautern einen Oberkiefer- und Nasenbeinbruch sowie eine Gehirnerschütterung zu. Der Werderaner wurde im gegnerischen Sechzehner bei einem Klärungsversuch per Fallrückzieher mitten im Gesicht getroffen und fiel folglich mehrere Monate aus.
Zwar warf dieser heftige Zusammenstoß den Verteidiger zurück, allerdings änderte die Verletzung nichts seiner Kämpfernatur. Sein Comeback gab er nach zwei Monaten mit einem echten Knall. Per wuchtigem Kopfball-Tor, beim 2:0-Erfolg über Hannover 96, meldete sich Prödl zurück. Nach sieben Jahren, 149 Pflichtspielen und zehn Toren folgt der Wechsel in die Premier League zum FC Watford. Seitdem gehen der SV Werder und Sebastian Prödl getrennte Wege, doch der Österreicher bezeichnet sich selbst als "Ein-Mann-Werder-Fanclub in London". Denn wer gemeinsam alles erlebt, bleibt immer irgendwie da.