Dort kommt Harnik zunächst in der Regionalliga bei der U 23 zum Einsatz. Keine 18 Monate später unterschreibt der gelernte Stürmer seinen ersten Profivertrag bei den Grün-Weißen und feiert am 15.08.2007 sein Bundesliga-Debüt gegen den 1. FC Nürnberg, als er in der 61. Minute eingewechselt wird. Harnik, der nie viel Zeit benötigt, um sich einzugewöhnen, braucht nur acht Minuten für seinen ersten Werder-Treffer im deutschen Oberhaus. Auch in der österreichischen Nationalmannschaft, wenige Tage später, wird er in seinem ersten Einsatz im rot-weißen Trikot eingewechselt. Dieses Mal benötigt er nur sechs Minuten, um zu netzen. Mit seinem zweiten Ballkontakt erzielt er den ersten Treffer für die ÖFB-Auswahl. Heute kann der mittlerweile zurückgetretene Stürmer auf 68 Partien im Nationaltrikot und zwei EM-Teilnahmen zurückblicken.
Dennoch hat es der gebürtige Hamburger im Verein zunächst schwer. 2009 trennen sich die Wege von ihm und dem SV Werder. Vorerst. Er wechselt in die zweite Liga zu Fortuna Düsseldorf. „Ich war zu einer Phase bei Werder, als wir eine saustarke Mannschaft hatten, in der wir international gespielt haben und es für einen jungen Spieler nicht viele Chancen gab“, erklärt der ehemalige österreichische Nationalspieler gegenüber WERDER.DE. „Ich musste einfach Spielpraxis sammeln. Das habe ich bei Düsseldorf getan und beim VfB Stuttgart die Chance ergriffen“, so Harnik weiter. Bei den Schwaben erlebt er seine erfolgreichste Zeit. 214-Mal läuft er für den VfB auf, erzielt 68 Tore und bereitet 35 Treffer vor.
2016 endet die Ära in der baden-württembergischen Landeshauptstadt. Er schlägt seine Zelte fortan beim Absteiger aus der ersten Liga, Hannover 96, auf. Gleich in seiner ersten Saison ist Harnik mit 17 Treffern einer der Garanten für den direkten Wiederaufstieg der 96er. In der vergangenen Spielzeit schafft er mit den Niedersachsen den Klassenerhalt.
Doch die Liebe und der Kontakt zu den Grün-Weißen ist auch nach all den Jahren nie abgerissen. „Werder habe ich nie aus dem Fokus verloren“, verdeutlicht Harnik, der nicht lange überlegen muss, als das Angebot der Grün-Weißen kommt: „Ich weiß, dass ich mich hier wohlfühle und das war in meiner Karriere immer einer der wichtigsten Faktoren, um Leistung bringen zu können.“ So ist er nun als gestandener Bundesliga-Profi zurück bei seinem Herzensverein, zurück beim SV Werder.