Nur wenige Monate nach seinem Liga-Debüt folgte der erste Auftritt in der österreichischen Nationalmannschaft. Im Testspiel gegen Kanada, das am 01.03.2006 stattfand, wurde er im Alter von 18 Jahren nach 60 Minuten eingewechselt. Danach folgten unter Teamchef Josef Hickersberger noch drei weitere Einsätze für seine Landesauswahl. Doch Kanada sollte auch in der Folge ein gutes Pflaster für Junuzovic bleiben. Denn im Sommer 2007 folgte für Junuzovic und die U 20-Auswahl mit der Weltmeisterschaft in dem nordamerikanischen Staat der erste internationale Höhepunkt. Das ÖFB-Team erreichte den sensationellen vierten Platz. Mit Zlatko Junuzovic, Sebastian Prödl, Martin Harnik sowie Markus Suttner und Rubin Okotie standen im einstigen rot-weiß-roten Team viele Spieler, die heute den EM-Kader der Österreicher bilden. In der Liga spielte Junuzovic nach Zwischenstation bei Austria Kärnten inzwischen bei FK Austria Wien. Nach dem Vizemeistertitel mit den „Violetten“ wurde der Freistoß-Spezialist 2010 zum "Fußballer des Jahres" in Österreich gewählt.