1996 übernahm Wolf Werner bei Werder Bremen das Amt als Nachwuchs-Manager mit dem Ziel, das Nachwuchs-Leistungszentrum der Grün-Weißen weiter zu entwickeln. Durch den Aufbau von professionell organisierten Strukturen zählt Werders Nachwuchsarbeit bereits seit Jahren zu den besten und erfolgreichsten in ganz Europa. Werders Leistungsmannschaften spielen in allen Ligen nicht nur um den Titel mit, sondern auch zahlreiche Talente, darunter unter anderem Tim Borowski, Christian Schulz, Aaron Hunt sowie Simon Rolfes und Nelson Valdez, fanden den Weg in die Bundesliga. Zu den größten sportlichen Erfolgen unter Nachwuchs-Manager Wolf Werner zählen die Deutsche A-Jugend-Meisterschaften 1999 und A-Jugend Vize-Meisterschaft 2000, die Deutsche Vize-Meisterschaft der B-Jugend 1999 sowie acht Norddeutsche Meistertitel der C-Junioren.

"Diese Erfolge hat ein hervorragendes Team eingefahren. Das fängt bei den untersten Mannschaften an. Ich bin stolz, dass ich in den letzten elf Jahren ein Teil dieses Teams sein durfte und dazu beitragen konnte, dass Bremen sich zu einem der führenden Nachwuchs-Leistungszentren der Bundesliga entwickelt. Das, was wir hier vorweisen können, ist in Deutschland einmalig", blickt Werner auf die vergangenen Jahre zurück.

Der Einstieg in den professionellen Fußball gelang Wolf Werner 1979 als Co-Trainer von Jupp Heynckes bei Borussia Mönchengladbach. Nach dem Abschied von Heynckes in Richtung Spanien übernahm der studierte Pädagoge das Amt des Chef-Trainers, das er nach 29 Monaten räumen musste.

Anschließend zog es ihn in den Süden Deutschlands. Beim FC Bayern München nahm er das Angebot an, ein Nachwuchsleistungszentrum aufzubauen. Zwei Jahre lang war der DFB-Fußball-Lehrer für den Nachwuchsbereich bei den Bayern verantwortlich und führte Talente wie Markus Babbel, Christian Nerlinger und Christian Ziege an die Bundesliga heran. Aus familiären Gründen ging es in den Norden. 1992 übernahm er den Verbandsligisten SV Wilhelmshaven und führte ihn innerhalb von nur zwei Jahren in die Regionalliga, in der Werner mit seinem Team auch auf Werder traf. Von dort aus nahm Werders damaliger Vize-Präsident Klaus-Dieter Fischer Kontakt zu Werner auf, so dass ihn sein Weg schließlich an die Weser führte.